W 2018 roku ujawniono, że betonowe konstrukcje wyrzutni rakiet zostały wykonane wadliwie (w betonie pojawiły się puste przestrzenie). Roskosmos zapowiedział naprawienie usterki. W lipcu 2018 roku zakończono śledztwo, toczące się od listopada 2017 roku, przeciw Nikołajowi Kochno, prezydentowi miasta Ciołkowski, który w związku z budową kosmodromu przyjął 2,2 mln rubli na zakup mieszkania.
W listopadzie 2018 roku Prokuratura Generalna FR podsumowała dotychczasowe dochodzenia w sprawie nadużyć związanych z budową kosmodromu Wostocznyj. Łącznie toczyło się 140 spraw karnych, a straty wyceniono na 10 mld rubli. Od 2014 roku stwierdzono ponad 17000 przypadków naruszenia prawa, ponad tysiąc osób pociągnięto do odpowiedzialności. Z powodu komplikacji prawnych i defraudacji budowa kosmodromu nie została jeszcze ukończona.
Liczne kontrowersje stały się przyczyną spekulacji i kryzysów wizerunkowych Roskosmosu oraz samego kosmodromu. Z utraconych środków udało się odzyskać około 3,5 miliarda rubli.