W ten sposób Sassou-Nguesso wraz z Kolelasem założyli opozycyjny sojusz URD, który ogłosił, iż Lissouba objął urząd po sfałszowanych wyborach. Od listopada 1993 w Kongu dochodziło do zamieszek między zwolennikami Lissouby i Kolelasa a w styczniu 1994 miejsce miała zbrojna konfrontacja. Niepokoje w kraju kosztowały życie 1500 osób. Kiedy w czerwcu 1994 doszło do politycznego pojednania między prezydentem Lissoubą i Bernardem Kolelasem, generał Sassou-Nguesso stanął na czele opozycji, działając na emigracji.
Przebieg konfliktu Kiedy Sassou-Nguesso powrócił do kraju 5 czerwca 1997, został otoczony w jego domu w Brazzaville przez siły rządowe. Od tej pory dochodziło do starć bojówek zwanych Cobra, na czele których stał Sassou-Nguesso, z siłami rządowymi, co doprowadziło do wybuchu wojny domowej. W październiku 1997 doszło do interwencji wojsk Angoli, w wyniku czego prezydent Lissouba, premier Yhombi-Opango i ich zwolennicy (tacy jak Bernard Kolélas stojący na czele bojówek Ninja) zostali zmuszeniu do ucieczki z kraju.