Taksonomia (gr. τάξις táksis „układ, porządek” + νόμος nómos „prawo”) – poddyscyplina systematyki organizmów, nauka o zasadach i metodach klasyfikowania, w szczególności o tworzeniu i opisywaniu jednostek systematycznych (taksonów) i włączaniu ich w układ kategorii taksonomicznych
Niekiedy słowem tym określa się określony podział (układ) systematyczny danej grupy organizmów. Termin „taksonomia” – początkowo zdefiniowany przez de Candolle'a (1813) jako nauka o teorii klasyfikacji organizmów – jest bliskoznaczny z terminem „systematyka”, który w pierwotnej definicji odnosił się do zastosowań praktycznych tej klasyfikacji. W 1969 Ernst Mayr zdefiniował taksonomię jako teorię i praktykę klasyfikacji. Niektórzy naukowcy synonimizują terminy „taksonomia” i „systematyka”.
Historycznie taksonomia wywodzi się z prób usystematyzowania gatunków biologicznych, ale jej metody mogą być stosowane także do przedmiotów badań innych nauk. Również z powodów historycznych wyróżnia się dwie gałęzie taksonomii: taksonomia fenetyczna – opierająca się na relacjach podobieństwa między klasyfikowanymi obiektami. taksonomia filogenetyczna – opierająca się na relacjach pokrewieństwa klasyfikowanych obiektów.