Dušan Perniš (ur. 28 listopada 1984 w Nitrze) – słowacki piłkarz występujący na pozycji bramkarza.
Kariera klubowa Dušan Perniš zawodową karierę rozpoczął w trakcie sezonu 2003/2004, kiedy to został zawodnikiem klubu ZŤS Dubnica. Wywalczył sobie tam miejsce w podstawowym składzie, po czym odszedł do MŠK Žilina. Zajął z klubem 4. miejsce w rozgrywkach Corgoň Ligi, a następnie został wypożyczony do drużyny FC Senec. Grał tam w rundzie jesiennej sezonu 2006/2007, a potem, również na zasadzie wypożyczenia, przeniósł się do Dubnicy. Perniš występował w zespole do końca rozgrywek, ale ostatecznie pozostał w tym klubie także na kolejny sezon.
Latem 2008 roku zawodnik powrócił do MŠK Žilina i zdobył z nim wicemistrzostwo kraju. W lipcu 2009 roku Perniš podpisał kontrakt ze szkockim Dundee United, jednak zgodnie z umową, został jego piłkarzem dopiero w styczniu 2010 roku. W nowym klubie zadebiutował podczas wygranego 2:0 meczu Pucharu Szkocji z Partick Thistle. W lidze po raz pierwszy wystąpił w zwycięskim pojedynku przeciwko Hamilton F.C. (1:0). Od początku pobytu w Dundee, Perniš stał się jego podstawowym zawodnikiem i wywalczył Puchar Szkocji (sezon 2009/2010).