Najbardziej ogólne, interdyscyplinarne podziały podstawowe to: systemy abstrakcyjne i fizyczne: abstrakcyjne: np. systemy pojęć, reguł, modeli, działań, fizyczne: zbudowane z materii lub energii. systemy statyczne i dynamiczne: system statyczny jest niezmienny w czasie, może być abstrakcyjny lub fizyczny, system dynamiczny to taki, w którym zmiana w jednej części wpływa na pozostałe; największy znany dynamiczny system fizyczny to Wszechświat. systemy otwarte, zamknięte i autonomiczne – ten podział w zastosowaniu do systemów fizycznych jest subiektywny i przybliżony, choć często używany: systemy zamknięte są przeważnie abstrakcyjne, zaś systemem otwartym i autonomicznym jest np. każdy organizm żywy.
Podstawową różnicą między systemami biologicznymi a psychicznymi i społecznymi, jest to, że biologiczne przetwarzają i reprodukują zdarzenia, zaś psychologiczne są określane przez komunikację, świadomość i sens (rzeczowy, czasowy i społeczny).
W ostatnich czasach koncepcja systemu została także rozszerzona na tzw.