W 1810 roku nastąpił jednak koniec kilkuwiekowego panowania biskupów wrocławskich w księstwie nyskim z powodu sekularyzacji dóbr kościelnych i klasztornych przez króla pruskiego. Pałac ponownie odebrano właścicielom, poddano przebudowie i zmieniono jego przeznaczenie. W 1823 r. część budynku została przekazana sądowi ziemskiemu, a w 1849 resztę pomieszczeń przejął królewski sąd wojskowy. Mieścił się tu także urząd katastralny, a w latach 1850-1852 druga kondygnacja skrzydła frontowego pełniła funkcję mieszkania służbowego księcia Karola Antoniego Hohenzollerna, komendanta nyskiej brygady. W 1881 r. cały budynek został przejęty przez władze sądowe.
Gruntownie odnowiono pałac w 1927 roku. W marcu 1945 roku budynek spłonął. Zniszczenia okazały się bardzo duże. W latach 1947–1948 przeprowadzono odbudowę pałacu, zabezpieczając go dachem, lecz wnętrza zatraciły na stałe swój wystrój.
W 1962 r. podjęto wieloletni trud odbudowania pałacu z zamiarem przeznaczenia go na siedzibę muzeum. W dniu 30 marca 1984 r. Muzeum w Nysie przejęło odremontowany gmach (uroczyste otwarcie nastąpiło 1 października 1986 roku).