Od początku rządów cofnął politykę zagraniczną poprzednika, poprzez zakończenie konfrontacji z Malezją oraz wstrzymanie pomocy dla powstańców w Sarawaku, a w końcu jawne akcje militarne przeciwko nimCheah Boon Kheng (2009). „The Communist Insurgency in Malaysia, 1948–90: Contesting the Nation-State and Social Change” (PDF). New Zealand Journal of Asian Studies (University of Auckland) 11 (1): 132–52..
Kierował represjami wobec opozycji, zakazał działania związków zawodowych, zerwał stosunki dyplomatyczne z Chinami, utrzymywał natomiast kontakty z krajami zachodnimi, zwłaszcza z USA, które ułatwiły mu dojście do władzy. W okresie rządów Suharto nagminnie łamano prawa człowieka, tłumiąc demonstracje opozycji. Istotnym problemem stała się powszechna korupcja. W tym czasie doszło do aneksji Timoru Wschodniego. Suharto wdał się też w konflikt w Nowej Gwinei, gdzie jego wojska starły się z separatystycznym Ruchem Wolnej PapuiRichard Chauvel, Ikrar Nusa Bhakti, The Papua conflict: Jakarta’s perceptions and policies, 2004, , .. W 1976 roku rozpoczęła się trwająca do 2005 roku separatystyczna rebelia Ruchu Wolnego AcehuAmnesty: Indonesia ‘failing to uphold’ Aceh peace terms.. Opierając się na władzy wojskowej, Suharto był wybierany na kolejne kadencje prezydenckie w 1973, 1978, 1983, 1988, 1993 i 1998.