W 2000 roku Towarzystwo otrzymało Medal „Za zasługi dla Miasta Torunia” na wstędze. W 2004 roku prezesem Towarzystwa został prof. dr. hab. Andrzej Woszczyk. W 2012 roku prezesem został prof. Jan Kopcewicz. W 2015 roku prezesem został prof. Andrzej Radzimiński.
Struktura organizacyjna Wydział I – Historyczny Wydział II – Filologiczno-Filozoficzny Komisja Filologiczna Komisja Filozoficzna Komisja Historii Sztuki i Konserwatorstwa Komisja Bibliografii i Bibliotekoznawstwa Wydział III – Matematyczno-przyrodniczy Wydział IV – Prawny Wydział V – Teologiczny Wydział VI – Ekonomii i Biznesu Komisja Przyjaciół Pamiętnikarstwa przy Towarzystwie Naukowym w Toruniu
Źródło:
Prezesi Ignacy Łyskowski (1875–1886) Leon Szuman Witold Jaworowicz ks. Stanisław Kujot (1897–1914) ks. Brunon Czapla (1914–1918) ks. Paweł Czaplewski (1918–1920) dr Józef Łęgowski (1920–1923) ks. Alfons Mańkowski (1923–1939) ks. Paweł Czaplewski (1945–1948) prof. Konrad Górski (1948–1949) prof. Władysław Dziewulski (1949–1957) prof. Konrad Górski (1957–1983) prof. Marian Biskup (1983–2004) prof. dr hab. Andrzej Woszczyk (2004–2012) prof. dr hab. Jan Kopcewicz (2012–2014) prof. dr hab.