Dolina posiada system teras, odcinki przełomowe o założeniu rynnowym oraz z reguły strome, wysokie zbocza. Linia nurtu kształtuje się w wyniku erozji brzegów, akumulacji niesionego materiału oraz zarastaniu koryta roślinnością wodnąWencel W., Leśny Kompleks Promocyjny "Bory Tucholskie", Nadleśnictwo Woziwoda – rezerwaty przyrody, Bydgoszcz, ok. 2007.
Teren doliny Brdy jest bardzo urozmaicony pod względem rzeźby terenu oraz siedlisk przyrodniczych. Charakterystycznymi elementami krajobrazu są meandry, starorzecza, kępy i łachy rzeczne. Na brzegach występują strome skarpy, urwiska, głazowiska oraz wywroty przegradzające koryto rzeki.
Wzdłuż Brdy występują zróżnicowane zbiorowiska leśne. Do najbardziej naturalnych należą łęgi olszowe i wiązowe, a oprócz tego występują m.in.: bory sosnowe, subkontynentalne bory świeże oraz grądy zboczowe i subkontynentalne.
Na obszarze rezerwatu znajdują się liczne pomniki przyrody oraz stanowiska roślin chronionych. Występują tu m.in.: podkolan biały, gnieźnik leśny, listera jajowata, jarząb brekinia i inne.