W meksykańskiej Primera División zadebiutował 21 września 1999 w wygranym 3:1 meczu z Santos Laguną.
W tym samym 1999 roku Ochoa triumfował z Necaxą w najbardziej prestiżowych rozgrywkach północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharze Mistrzów CONCACAF, lecz odgrywał wówczas jedynie marginalną rolę w drużynie, pozostając rezerwowym dla Agustína Delgado. Wobec tego zdecydował się na odejście do drugoligowego Tiburones Rojos de Veracruz, gdzie spędził kolejne pół roku, po czym powrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej, podpisując umowę z ekipą Tigres UANL z siedzibą w mieście Monterrey. Tam 3 marca 2001 w wygranej 2:0 konfrontacji z Leónem strzelił swojego premierowego gola w pierwszej lidze, zaś już po kilku miesiącach wywalczył sobie pewne miejsce w wyjściowej jedenastce drużyny. Ponadto podczas jesiennego sezonu Invierno 2001 zdobył z tą drużyną tytuł wicemistrza kraju.