Kilkadziesiąt lat później, kardynał Giovanni Pietro Carafa (późniejszy papież Paweł IV) w 1543 roku zadekretował, że nie wolno drukować książek bez pozwolenia Inkwizycji.
Utworzenie indeksu thumb|Strona tytułowa Indeksu ksiąg zakazanych z 1564 Jednym z zadań utworzonej w 1542 roku Inkwizycji było przeciwdziałanie rozpowszechniania pism podważających nauczanie Kościoła. Aby zatamować „potężną powódź skażonych ksiąg”, Kościół stworzył listę zakazanych publikacji, która obowiązywałaby wszystkich katolików. Kiedy w 1555 roku Generalny Inkwizytor, Giovanni Pietro Carafa, został papieżem Pawłem IV, polecił sporządzić wykaz dzieł, których nie wolno rozpowszechniać, posiadać ani czytać. W ten sposób w roku 1559 po raz pierwszy ukazał się powszechny Indeks ksiąg zakazanych. Umieszczono w nim tytuły dzieł oraz nazwiska autorów rozpowszechniających nauki niezgodne z nauczaniem Kościoła.
Na mocy bulli papieskiej Pawła IV z 5 stycznia 1559 odwołano wszelkie pozwolenia na czytanie zakazanych dzieł. Spowiednicy mieli obowiązek dowiadywać się, kto je czyta i rozpowszechnia – chodziło szczególnie o publikacje luterańskie.