Obszar Chronionego Krajobrazu Żuław Gdańskich – 4,56% powierzchni obszaru, oraz 8 rezerwatów przyrody: Rzeka Drwęca, Kępa Bazarowa, Wielka Kępa, Łęgi na Ostrowiu Panieńskim, Ostrów Panieński, Wiosło Małe, Wiosło Duże, Las Mątawski.
Na terenie obszaru chronionego Doliny Dolnej Wisły występują również liczne użytki ekologiczne oraz miejsca, które planuje się objąć ochroną w rezerwatach przyrody, np. Mała Kępa Ostromecka.
W sieci European Ecological Network, Dolina Dolnej Wisły stanowi korytarz ekologiczny o znaczeniu międzynarodowym.
Wartość przyrodnicza Obszar stanowi ostoję ptasią o randze europejskiej E 39. Występują tu co najmniej 44 gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej oraz 4 gatunki z Polskiej Czerwonej Księgi.
Dolina stanowi teren lęgowy dla ok. 180 gatunków ptaków., a także bardzo ważną ostoję dla ptaków migrujących i zimujących. W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: bielika, nurogęsi, ohara, rybitwy białoczelnej, rybitwy rzecznej, zimorodka, ostrygojada. W stosunkowo wysokim zagęszczeniu występuje również derkacz, mewa czarnogłowa, sieweczka rzeczna.