W maju 1608 przeniósł się do Drezna, gdzie z nieznanych powodów został aresztowany. Potem wyjechał do Lipska, gdzie zaprzyjaźnił się ze studentem – wileńskim kalwinistą Samuelem Piątkowiczem.

Ta znajomość sprawiła, że Franco wrócił do Rzeczypospolitej i osiedlił się w Wilnie. Rozpoczął akcję misyjną wśród miejscowej kolonii włoskiej. Jest możliwe, że chciał w ten sposób odkupić tchórzliwą ucieczkę z Brescii, oddając swoje życie za wiarę.

Wydarzenia wileńskie 2 czerwca 1611, kiedy w Kościele katolickim przypadała uroczystość Bożego Ciała, Franco wysłuchał nabożeństwa w zborze wileńskim, podczas którego pastor Andrzej Chrząstowski ostro krytykował obrzędy katolickie, określając je jako bałwochwalstwo.

Po wysłuchaniu tego kazania i opuszczeniu zboru Franco udał się na miejsce procesji katolickiej odbywającej się z okazji uroczystości Bożego Ciała.