Wiele prac poświęciła problematyce prasy rękopiśmiennej oraz przemocy domowej w epoce nowożytnej.
Wypromowała 6 doktorów i ponad 100 magistrów.
Jej mężem jest Janusz Popiołek.
Wyróżnienie 28 lutego 2017 roku prof. Bożena Popiołek została laureatką Programu „Kobieta charyzmatyczna 2017” w kategorii: „Kobieta w nauce”.
Książki Królowa bez korony. Studium z życia i działalności Elżbiety z Lubomirskich Sieniawskiej (ok. 1669–1729), Kraków 1996. Potop („Dzieje Narodu i Państwa Polskiego”), Warszawa 1998, wyd. I, Warszawa 2000, wyd. II. A z Warszawy nowiny te…. Listy Jadwigi Rafałowiczówny do Elżbiety Sieniawskiej z lat 1710–1720, Kraków 2000. Ludzie i epoki. Podręcznik do historii do klasy II LO, Kraków 2003, wyd. II Kraków 2008. Kobiecy świat w czasach Augusta II. Studia nad mentalnością kobiet z kręgów szlacheckich, Kraków 2003. Woli mojej ostatniej testament ten… Testamenty staropolskie jako źródło do historii mentalności XVII–XVIII wieku, Kraków 2009. Korespondencja Elżbiety Lubomirskiej Sieniawskiej, kasztelanowej krakowskiej, t.