Syn szefa DINA Manuela Contrerasa twierdzi, że jego ojciec oraz Pinochet odwiedzili Colonię Dignidad w 1974; twierdził również, że Schäefer i jego ojciec byli dobrymi przyjaciółmi. Obecny przywódca, Villi Baviera, przyznaje, że tortury miały miejsce w starej kolonii, jednak w dzisiejszych czasach mieszkańcy tworzą nową społeczność.

W marcu 2005 były agent DINA Michael Townley potwierdził bliskie związki Colonii Dignidad z DINA, jak również dodał, że znajdowało się tam tajne wojskowe laboratorium broni biologicznej i chemicznej. Okazało się, iż w laboratorium prowadzono eksperymenty na więzionych ludziach. Townley wspomniał także o innym laboratorium umiejscowionym w Via Naranja de lo Curro.

Składy broni W czerwcu i lipcu 2005 chilijska policja odnalazła dwa składy broni w okolicy kolonii. Pierwszy znajdował się wewnątrz kolonii Dignidad, zawierał trzy kontenery z karabinami maszynowymi, karabinkami szturmowymi, wyrzutniami rakiet oraz dużym składem amunicji, niektóre egzemplarze miały 40 lat. Określono je największym arsenałem broni kiedykolwiek znalezionym w prywatnych rękach w Chile.