Wielkie trzęsienia ziemi na nizinie Kantō zdarzają się mniej więcej co 70 lat. Do katastrofalnych fal tsunami doszło w 1495 roku, kiedy zniszczyły większą część Kamakury, a w 1993 roku – wyspę Okushiri u wybrzeży Hokkaido. Wstrząsom tektonicznym często towarzyszy tworzenie się uskoków. Niektóre obszary podnoszone są nawet do 250 m, gdzie indziej powstają zapadliska o podobnej głębokości. Z tego powodu liczba małych wysepek wokół głównych wysp Archipelagu Japońskiego często się zmienia.
Rzeźba thumb|200px|Wybrzeże Okinawy Wyspy Japońskie stanowią nadwodną część potężnego łańcucha górskiego, wznoszącego się z dna oceanu. Japonia niemal w 90% jest zdominowana przez obszary wyżynne, górskie i śródgórskie. Spośród tychże obszarów 10% stanowią góry wysokie. Cechą charakterystyczną kraju jest brak równin, a obszary nizinne są na tyle niewielkie, że w każdym miejscu kraju można ujrzeć górskie i przedgórskie elementy rzeźby terenu. Obszary nadbrzeżne, także są w większości urozmaicone. W wielu miejscach stoki gór opadają wprost do morza.