Po aneksji Litwy przez ZSRR w 1940 order został zniesiony. Przywrócono go 15 stycznia 1991, jako pierwsze z przedwojennych odznaczeń litewskich. Pierwszymi osobami odznaczonymi Orderem Krzyża Pogoni byli zamordowani przez Sowietów obrońcy wieży TV w Wilnie (1991), którym odznaczenie przyznano pośmiertnie (m.in. Loreta Asanavičiūtė).
Obecnie odznaczenie jest wykonywane w Mennicy Państwowej w Wilnie i przez firmę Gurtana, a wstążka orderu jest produkowana przez znaną duńską firmę medalierską Mørch & Søn w Kopenhadze. W 1992 wstążki orderu IV i V klasy były wykonywane przez znaną paryską firmę medalierską Arthus-BertrandOrder of the Cross of Vytis.
Obecnie order dzieli się on na pięć klas, wszystkie z mieczami. W 2002 ustanowiono powiązany z Orderem Medal Orderu Krzyża Pogoni.
W 90. rocznicę ustanowienia Orderu Krzyża Pogoni (2009) Poczta Litwy wydała znaczek pocztowy z wizerunkiem tego odznaczeniaMichel Europa-Katalog. Nordeuropa (Litauen), Schwaneberger Verlag GMBH, Unterschleissheim 2009, .