Młodość thumb|Colfer na Gali najbardziej stu wpływowych ludzi magazynu The Time, 27 Kwietnia, 2011 Chris urodził się w miejscowości Clovis w Kalifornii. Jego rodzice to Karyn (z domu Boling) i Tim Colfer. Colfer ma irlandzkich przodków, jak powiedział: „I’m very Irish, my family is all Irish and St. Patrick’s day in my house is crazy”. Chris był uczony w domu przez połowę 7 klasy i całą 8, ponieważ był zastraszany w szkole„'Glee' cast talks of new season, how show changed them”, Manila Bulletin, October 10, 2011, Retrieved October 11, 2011..
W czasie nauki w Clovis East High School Colfer był związany z programem Speech & Debate, gdzie dzięki swoim wypowiedziom otrzymał kilka razy tytuł mistrza debaty, w tym został umieszczony na 9. miejscu w State Competition for Dramatic Interpretation, w klubie dramatu FFA był prezesem Writer’s Club, redaktorem czasopisma literackiego szkoły oraz kapitanem Destination ImagiNation Gleewiki on Fox.com. Retrieved November 14, 2009.. Kiedy był w ostatniej klasie liceum, napisał scenariusz, zagrał i wyreżyserował parodię Sweeney Todd, zatytułowaną Shirley Todd. Wszystkie role damskie w przedstawieniu były grane przez mężczyzn, a wszystkie role męskie były grane przez kobiety.