13 samolotów dla Litwy, wykonanych do sierpnia 1939 roku, zostało przejętych we wrześniu przez lotnictwo francuskie.
Po zajęciu Francji przez Niemcy w 1940 roku 37 samolotów MS.406C1 zostało sprzedanych Finlandii, a część zdobytych samolotów przekazali rządowi Chorwacji (48 sztuk). Bułgaria otrzymała od rządu Vichy w 1942 roku 20 samolotów MS.406 i używała ich do końca wojny.
Łącznie wyprodukowano 1098 samolotów Morane-Saulnier MS.406C1.
Użycie w lotnictwie Pierwsze nieliczne przedseryjne samoloty MS 405 trafiły do dywizjonu GC I/7 w kwietniu/maju 1938 roku, lecz były one używane do prób wojskowych. Na większą skalę samoloty MS 405/406 zaczęły wchodzić na uzbrojenie dopiero na początku 1939 roku, najpierw w skład 7 pułku lotniczego z Dijon i 6 pułku z Chartres. 1 kwietnia 1939 roku lotnictwo posiadało 104 samoloty, z tego część do szkolenia. Do 29 sierpnia 1939 roku lotnictwo francuskie odebrało 547 egzemplarzy. 1 września tylko 269 samolotów znajdowało się w jednostkach bojowych na obszarze metropolii, a 38 w koloniach w Afryce Północnej (spotykane są rozbieżne liczby, w zależności od źródłowych zestawień i metodologii liczenia).