Jednak już w 1598 roku nowi właściciele miasta, Andrzej Roszkowski wraz z żoną Anną Rydzyńską, zwrócili kościół katolikom. W XVII wieku prowadzona była dalsza rozbudowa kościoła. Dobudowano drugą kaplicę, powstały nowe ołtarze, ponadto istniało wiele bractw, co świadczy o bogatym życiu religijnym wiernych należących do parafii. W 1854 roku proboszczem parafii został ksiądz Jan Respondek, który otwarcie i ostro stawał w obronie praw narodowych Polaków w zaborze pruskim. W XVIII wieku, po pożarze, kościół został odbudowany w stylu klasycystycznym, również wnętrze kościoła przebudowano w tym stylu. Taki wygląd świątyni parafialnej przetrwał do dziś. W czasie II wojny światowej parafia została przez hitlerowców rozwiązana, kościół zamknięty, a duchowni ponieccy wywiezieni do obozów koncentracyjnych. W 1945 roku parafia ponownie została powołana, a kościół oddany wiernym. Następne lata to kolejne remonty kościoła. W 1948 roku odnowiono kościół po wojennej dewastacji, w 1972 roku dokonano gruntownej restauracji wnętrza, w latach 80. XX wieku odnowiono elewację wieży, a w 1998 roku wyremontowano dach. Od 1.02.2023 proboszczem parafii jest ksiądz Bartosz Strugarek.