Chociaż z powodu problemów zdrowotnych nie mógł kontynuować kariery w lotnictwie, ta wczesna fascynacja lotnictwem miała znaczący wpływ na jego dalszą karierę. Rozpoczął studia na fizyce, by później przejść na matematykę, nadal jednak utrzymując bliski związek z geofizyką.
Studia ukończył w 1956 roku pod kierunkiem Karola Borsuka na wydziale matematyczno-fizycznym Uniwersytetu Warszawskiego, pisząc pracę magisterską pt. O uniformizacji funkcji wielowartościowych. Na trzecim roku studiów, w 1954 roku, Krzysztof Haman został pierwszym asystentem zatrudnionym w Zakładzie Fizyki Atmosfery. Brał aktywny udział w Międzynarodowym Roku Geofizycznym w latach 1957–1958, organizując pomiary aerologiczne w Wietnamie. Uzyskał doktorat w 1962 roku na podstawie wyników pomiarów sondaży atmosferycznych w Wietnamie, a jego promotorem był Teodor Kopcewicz. Odbył staż w Oslo w 1967 roku. Habilitację uzyskał w 1969 roku na podstawie pracy dotyczącej dynamiki chmur konwekcyjnych. W latach 1972, 1974 oraz 1976 odbywał staże w Narodowym Centrum Badań Atmosferycznych w USA.