W czerwcu 2010 organizacja referendum w wyznaczonym czasie stanęła pod znakiem zapytania, po tym jak 10 czerwca 2010 na południu kraju doszło do wybuchu krwawych kirgisko-uzbeckich zamieszek etnicznych, w których mogło zginąć nawet ok. 2 tys. osób, a 400 tys. opuściło miejsce swego zamieszkania. Rząd tymczasowy o ich organizację oskarżył zwolenników i krewnych byłego prezydenta Bakijewa, czemu ten zaprzeczył. Kirgiskie władze twierdziły, że ich celem była destabilizacja sytuacji na południu kraju i niedopuszczenie do organizacji referendum. Rząd Otunbajewy ogłosił jednak, że pomimo wybuchu starć, referendum odbędzie się w zaplanowanym czasie. O nieprzekładanie głosowania zaapelowały także ONZ i UE. Referendum zyskało również poparcie ze strony Rosji i Stanów Zjednoczonych. Jego organizacja i wynik miał potwierdzić legitymizację nowych władz i umożliwić uzyskanie przez nie szerszego poparcia i pomocy ze strony społeczności międzynarodowej.