Reaktywował diecezjalne oddziały Caritasu i Akcji Katolickiej. Przyczynił się do powstania w Płocku Klubu Inteligencji Katolickiej, a także pierwszego w Polsce Stowarzyszenia Rodzin Katolickich. Powołał Katolickie Radio Płock (pierwsze katolickie radio po przemianach demokratycznych) i Katolickie Radio Ciechanów. W latach 1990–1991 przeprowadził XLII synod diecezjalny. W 1991 podejmował w Płocku Jana Pawła II podczas jego IV podróży apostolskiej do Polski, po czym zarządził diecezjalną peregrynację pobłogosławionej przez papieża kopii obrazu Jezusa Miłosiernego.
1 maja 1999 Jan Paweł II przeniósł go na urząd arcybiskupa metropolity szczecińsko-kamieńskiego. Ingres do bazyliki archikatedralnej św. Jakuba w Szczecinie odbył 23 maja 1999, a 29 czerwca 1999 odebrał w Rzymie paliusz. W 2000 dokonał reorganizacji kurii szczecińskiej. Przyczynił się do powstania w 2003 Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Szczecińskiego, zostając jego wielkim kanclerzem, w 2004 założył Archidiecezjalne Archiwum w Szczecinie. W 2004 zwołał pierwszy w historii archidiecezji synod. W 1999 powołał w Szczecinie katolickie gimnazjum i zespół katolickich szkół ogólnokształcących, a w 2000 zespół szkół ogólnokształcących w Pobierowie oraz fundację wspierającą dzieci i młodzież z ubogich rodzin.