10 marca 1637 w czasie wojny trzydziestoletniej zmarł w Szczecinie Bogusław XIV, ostatni książę pomorski z dynastii Gryfitów. Wygaśnięcie dynastii oznaczało upadek niepodległego Księstwa Pomorskiego. Według zawartej w 1529 umowy dynastycznej Pomorze odziedziczyć mieli Hohenzollernowie. Jednak rzeczywistymi panami byli Szwedzi, których wojska zajęły Pomorze Zachodnie w trakcie wojny. W 1654 w traktacie zawartym po zakończeniu wojny trzydziestoletniej Pomorze Zachodnie zostało podzielone między Brandenburgię a Szwecję – część Pomorza ze Szczecinem (w tym m.in. wyspy Uznam i Wolin) przypadła Szwecji, co umożliwiło Szwecji dokonanie rok później tzw. Potopu szwedzkiego – najazdu na Polskę. Działania wojenne podczas potopu szwedzkiego przyczyniły się do upadku gospodarczego miasta. mały|Port w Szczecinie, rok 1900 W 1713 miasto zostało zajęte przez Prusy, co potwierdził Pokój w Nystad, gdy 21 stycznia 1720 królowa Szwecji Ulryka Eleonora Wittelsbach tuż przed abdykacją sprzedała Szczecin ze wschodnią częścią szwedzkiej części Pomorza za 2 miliony talarów królowi Prus Fryderykowi Wilhelmowi I. W latach 1724–1740 wzniesiono wokół miasta nowe fortyfikacje miejskie, których plan zakładał wyburzenie średniowiecznych obwarowań.