Antychrześcijańska rewolta połączona z buntem lokalnego możnowładztwa spowodowały uniezależnienie się Szczecina i innych grodów pomorskich.
Pod koniec 1121 książę Bolesław Krzywousty ponownie przyłączył Szczecin do Polski, a książę Warcisław I uznał polską zwierzchność i złożył Krzywoustemu hołd lenny, zakładając dynastię Gryfitów, która panowała w Szczecinie ponad 500 lat. mały|Mapa z pracy Georga Brauna & Fransa Hogenberga Civitates orbis terrarum z 1581 roku (ten egzemplarz pochodzi jednak z późniejszego wydania z 1630) Pod zwierzchnictwem Polski pozostawało do 1185, gdy książę Bogusław I został zmuszony do złożenia hołdu lennego z miasta i Pomorza Zachodniego na rzecz króla Danii Waldemara II Zwycięzcy. W 1235 stało się lennem cesarza i weszło w skład Świętego Cesarstwa Rzymskiego. W 1243 książę Barnim I nadał Szczecinowi prawa miejskie. W kolejnych latach miasto nabywało kolejne tereny: w 1283 jezioro Dąbie, a w 1321 Police. W XIII wieku Szczecin stał się miastem hanzeatyckim. Na miejscu grodu słowiańskiego w XIV wieku książę Barnim III Wielki wybudował swoją siedzibę, tzw. „Kamienny Dom” oraz kaplicę św. Ottona. Na ten okres datuje się także ukończenie kamienno-ceglanych murów miejskich wokół miasta.