Protestancka Rada Andaluzji, Protestancka Rada Aragonii, Protestancka Rada Asturii, Protestancka Rada Balearów, Protestancka Rada Wysp Kanaryjskich, Protestancka Rada Kantabrii, Protestancka Rada Kastylii-La Manchy, Protestancka Rada Kastylii i Leónu (strona rady), Protestancka Rada Katalonii (strona rady), Protestancka Rada Walencji, Protestancka Rada Estremadury (strona rady), Protestancka Rada Galicji (strona rady), Protestancka Rada Madrytu (strona rady), Protestancka Rada Murcji (strona rady), Protestancka Rada Nawarry, Protestancka Rada Kraju Basków (strona rady).
Na szczeblu centralnym działają trzy zespoły: komisja plenarna, komisja stała i komisja współpracy. Władze Federacji wybierane są demokratycznie. Obecnym prezydentem Federacji jest Daniel Rodríguez Ramos.
Kościoły członkowskie Lista obejmuje największe denominacje Federacji: