W 1980 r. rozpoczął wykłady w Wyższym Seminarium Duchownym Diecezji Częstochowskiej. W latach 1989–1992 pełnił funkcję ojca duchownego Konwiktu Księży Studentów KUL, a w latach 1992-1994 był rektorem WSD w Częstochowie. Od 1994 do 1998 r. był kapelanem Domu Rekolekcyjnego w Laskach Warszawskich. W latach 1998–2004 osiadł ponownie w Częstochowie, gdzie poza wykładami w WSD współpracował z Archidiecezjalnym Radiem "Fiat", Sekcją Biblijną Polskiego Towarzystwa Teologicznego oraz z Polskim Towarzystwem Mariologicznym. Prowadził także Szkołę Słowa Bożego w różnych ośrodkach.

W 2004 r. powrócił do Lublina i poświęcił się wyłącznie pracy w Instytucie Nauk Biblijnych KUL. W latach 2000–2007 odbył kilka podróży naukowych do krajów Bliskiego Wschodu. Jest współredaktorem naukowym Biblii Paulistów, serii Nowy Komentarz Biblijny (Edycja Świętego Pawła) oraz Biblii lubelskiej. W 2012 r. przeszedł na emeryturę.

W 2015 r. został wyróżniony tytułem członka honorowego Stowarzyszenia Biblistów Polskich. W czasie ogłoszenia wyróżnienia ofiarowano mu księgę pamiątkową: Gloriam praecedit humilitas. Księga Pamiątkowa dla Księdza Profesora Antoniego Troniny w 70. rocznicę urodzin, red. Mariusz Szmajdziński, Częstochowa 2015, ss. 932.

Bibliografia Jest autorem około 250 prac z różnych dziedzin biblistyki, w tym kilkudziesięciu książek.