W trakcie potopu szwedzkiego w 1658 roku uchwałą sejmu polskiego nakazano im w ciągu trzech lat zmienić wyznanie lub opuścić Rzeczpospolitą. Po upływie tego terminu, przynależność do zboru braci polskich miała być karana śmiercią. W 1659 wymogi te zaostrzono, zmianę wyznania dopuszczano wyłącznie w przypadku konwersji na katolicyzm, czas do wyboru skrócono do 2 lat, czyli do lata 1660Deklaracya konstytucyi o Aryanach, tamże, s. 272, f. 585. W 1661 nakazano wykrywanie ukrywających się, O Aryanach, abo Nowokrzczeńcach, tamże, s. 323, f. 691. Stefania Ochmann-Staniszewska, Sprawa ariańska na sejmach 1661–1662 r.. Po wygnaniu kontynuowali działalność przede wszystkim w Siedmiogrodzie, Niderlandach i Prusach Książęcych. Ich ostatnie wspólnoty za granicą zanikły w 1803 roku.
Historia Pojawienie się braci polskich Pod koniec pierwszej połowy XVI wieku powstało krakowskie koło humanistów, któremu nieformalnie przewodził Franciszek Lismanin, a którzy m.in. omawiali pisma, komentarze i tłumaczenie Nowego Testamentu Erazma z Rotterdamu. Zawarte przez niego krytyczne uwagi do tradycyjnych przekładów i scholastyki miały stanowić impuls do późniejszych dyskusji.