Podczas synodu w Pińczowie w 1562 roku Stanisław Paklepka i Grzegorz Paweł z Brzezin odrzucili dogmat Trójcy Świętej jako koncepcję „papieską”, nie opartą na świadectwie Biblii, a 2 kwietnia tego roku synod większością głosów zaaprobował wyznanie wiary odrzucające wiarę w Trójcę Świętą. Pierwszy zbór braci polskich powstał 16 października 1562 w wyniku rozłamu w krakowskim zborze kalwińskim. Bracia polscy utworzyli reformacyjny tzw. „Zbór Mniejszy”. Podczas synodu w Pińczowie – zorganizowanego w październiku 1563 roku – powołano „Polski Mniejszy Kościół Reformowany” (Ecclesia Minor) skupiający członków wspólnoty braci polskich, w odróżnieniu od Kościoła reformowanego zwanego „Zborem Większym” i skupiającego kalwinistów.

Przeciwnicy religijni z kręgu kalwinistów złośliwie nazwali ich: „arianami”, choć ich nauka znacząco odbiegała od nauki Ariusza. Nazywano ich również „socynianami” (od Fausta Socyna) czy „antytrynitarzami”, gdyż odrzucali Trójcę. Sami siebie nazywali „braćmi polskimi” oraz za Janem Lubienickim – „chrystianami”. W 1565 w Węgrowie wyodrębniła się z kalwinizmu grupa braci polskich pod przywództwem Piotra z Goniądza i Giorgio Biandraty. Później na Mazurach określano ich „unitariuszami”.