Głównymi ośrodkami ruchu były: Pińczów oraz Raków, gdzie w latach 1602–1638 działała Akademia Rakowska, z aktywnie działającym domem wydawniczym, a także Kraków, Lublin, Nowy Sącz, Lewartów (obecnie Lubartów), Lusławice, Kisielin na Wołyniu, Śmigiel, Węgrów, Iwie i Łosk.
Wiodącym pedagogiem braci polskich był Wojciech z Kalisza, rektor szkoły ariańskiej w Lewartowie.
Bracia polscy nie brali udziału w porozumieniu pomiędzy wyznaniami protestanckimi w Rzeczypospolitej: luteranami, kalwinami oraz braćmi czeskimi, zawartym 14 kwietnia 1570 roku w Sandomierzu, zwanym zgodą sandomierskąKonfesja Sandomierska, Krystyna Długosz-Kurczabowa, , wyd. Semper. 2001.. Wkrótce podobnie jak inne wyznania zostali objęci pierwszym aktem prawnym, gwarantującym pokój między różnowiercami w Rzeczypospolitej, jakim była Konfederacja Warszawska, uchwalona na pierwszym sejmie konwokacyjnym w 1573 roku w WarszawieKonfederacja warszawska 1573 roku wielka karta polskiej tolerancji, opr. M. Korolko, J. Tazbir, Warszawa Instytut Wydawniczy PAX 1980.. Jednym z rzeczników politycznej współpracy z braćmi polskimi był przywódca kalwinistów małopolskich Stanisław Chrząstowski.