Od 1881 pozostawał związany z Uniwersytetem Jagiellońskim. Przedstawił pracę Rozszerzanie protestantyzmu w ziemiach polskich pod rządem pruskim w XVII i XVIII wieku, na podstawie której został mianowany docentem w Seminarium Historii Kościoła. Od 1882 był profesorem zwyczajnym i kierownikiem Katedry Historii Kościoła (do 1910); pełnił funkcję dziekana Wydziału Teologicznego UJ w roku akademickim 1883/1884 oraz rektora w latach 1891–1892. Zasiadał w Radzie Miejskiej Krakowa oraz sprawował mandat deputowanego do Rady Państwa w Wiedniu.
W grudniu 1883 wraz Janem Matejką i z polską delegacją brał udział w Rzymie w uroczystości przekazania w darze obrazu Jan Sobieski pod Wiedniem papieżowi Leonowi XIII. W 1900 został członkiem krakowskiej kapituły katedralnej. Słynął jako kaznodzieja, poruszający w kazaniach nie tylko tematy religijne, ale i kwestie polityczne i społeczne; wygłaszał mowy na pogrzebach znakomitości krakowskich. Papież Leon XIII nadał mu tytuł prałata domowego (1890).