Został jednak powtórnie uznany za winnego zdrady i skazany na dziesięć lat więzienia. Do kary zaliczono mu pięcioletni pobyt na wyspie. Wskutek nacisku opinii publicznej 19 września 1899 r. prezydent Francji anulował wyrok.
Życie po aferze thumb|Pomnik Alfreda Dreyfusa przed paryskim Muzeum Sztuki i Historii Judaizmu Przez dwa lata, do lipca 1906 r., mieszkał w areszcie domowym z jedną ze swoich sióstr w Carpentras, a później w Cologny. Dopiero w 1906 r. Alfred Dreyfus doczekał się pełnej rehabilitacji przez francuski Najwyższy Sąd Apelacyjny. Dzień po oczyszczeniu został ponownie przyjęty do wojska z awansem do stopnia majora. Tydzień później został kawalerem orderu Legii Honorowej i przydzielony jako dowódca jednostki artylerii w Vincennes. 15 października 1906 r. objął dowództwo jednostki artylerii w Saint-Denis. W 1907 r. wystąpił z armii. W okresie I wojny światowej ponownie wstąpił do wojska. Dowodził kolumną zaopatrzeniową artylerii i awansował do stopnia podpułkownika. W 1919 r. został oficerem Legii Honorowej. 4 czerwca 1908 r., podczas ceremonii przeniesienia prochów Emila Zoli do Panteonu, Dreyfus został postrzelony w ramię przez nacjonalistycznego dziennikarza Louisa Grégoriego.
Zmarł 12 lipca 1935 r. w Paryżu w wieku 75 lat. Został pochowany na cmentarzu Montparnasse.