Bojąc się ewentualnych represji, Rousseau uciekł do miasteczka Motiers-Travers, należącego do Prus, skąd jednak również został szybko wygnany.

Krytycy traktatu Rousseau zarzucali mu tworzenie w tekście iluzji naturalności wychowania dziecka, gdyż Emil i Zofia nie wzrastają w stanie bliskim „pełnej naturalności”, lecz pozostają pod stałą kontrolą wychowawcy, który aranżuje „naturalne” sytuacje w celu przekazania im konkretnej wiedzy, umiejętności i postaw życiowych. Twierdzili również, że Rousseau oparł swój system na dwóch błędnych założeniach: wrodzonej dobroci dziecka, którą należy chronić przed skażeniem przez cywilizację, oraz możliwości rozdzielnego kształcenia moralności, umiejętności i wiedzy (ich zdaniem rozwijają się one równolegle). Mimo tego traktat Rousseau natychmiast po publikacji zyskał ogromną sławę, przyczyniając się znacząco do popularności karmienia dzieci przez matki czy spędzania z nimi czasu na wsi. W czasie rewolucji francuskiej Emil stał się inspiracją dla idei szkolnictwa rewolucyjnego. Był też przedmiotem krytyki, np. ze strony Mary Wollstonecraft w Wołaniu o prawa kobiety.

Bezpośrednio do Emila nawiązuje polska powieść pt.