Rodzina Rodzice Józefa Fajkowskiego byli właścicielami gospodarstwa rolnego. Ojciec Władysław był działaczem ruchu ludowego i spółdzielczego, matką była Władysława. Żona Maria była nauczycielką. Józef Fajkowski był ojcem dziennikarki Jolanty Fajkowskiej oraz dziadkiem aktorki Marii Niklińskiej.
Działalność publicystyczna Opublikował kilkadziesiąt artykułów na tematy kultury, dziejów wsi i ruchu ludowego oraz martyrologii i walk wsi w latach okupacji niemieckiej na łamach „Roczników Dziejów Ruchu Ludowego”, „Studiów i Materiałów Polskiej Akademii Nauk”, „Wsi Współczesnej”, „Tygodnika Kulturalnego”, „Pokoleń”, „Zeszytów Muzealnych”.
Książki Ruch ludowy na Mazurach i Warmii 1945–1949 (1968) Krótki zarys historii ruchu ludowego (1969) Wieś w ogniu. Eksterminacja wsi polskiej w okresie okupacji hitlerowskiej 1939–1945 (1972) Zbrodnie hitlerowskie na wsi polskiej 1939–1945 (1981, współautor) Z dziejów konspiracyjnego harcerstwa polskiego 1944–1956. Nieznane karty (1993, współautor) Zasoby kultury polskiej w świecie (1999) Arka Bożek. Siła nasza leży w nas samych. Szkic biograficzny, wybór pism i przemówień oprac. J.