W XXI wieku po digitalizacji dzieło w całości lub w częściach stało się dostępne w Internecie. Wszystkie tablice można przeglądać na stronie poświęconej Flora Danica publikowanej przez Królewską Bibliotekę w Kopenhadze. Poszczególne tomy z różnymi zeszytami dostępne są w zbiorach Google Książki i niektórych bibliotek cyfrowych.
Znaczenie i inspiracje Flora Danica uważana jest za jedno z najważniejszych dzieł przyrodniczych stworzonych w Danii w ciągu XVIII i XIX wieku, a przy tym za jeden z najbardziej znamienitych przykładów opracowań flory krajowej. Ryciny uważane są za najpiękniejsze i najbardziej wartościowe z naukowego punktu widzenia przedstawienia roślin pochodzące z XVIII wieku. Dzieło uważane jest za jedno z najznamienitszych wydanych kiedykolwiek w Danii. Wartość naukowa dzieła jest trudna do przecenienia. Niemiecki botanik Kurt Sprengel określił całość jako Opus Incomparibile (łac. „dzieło nieporównywalne”). Flora Danica była jedną z pierwszych publikacji botanicznych stosujących stworzony przez Linneusza system klasyfikacyjny roślin i binominalne nazewnictwo gatunków. Niezwykła precyzja rycin i opisów roślin wraz z ich wszystkimi organami i detalami budowy, ustaliły wzór przedstawiania roślin. Do naśladowców w zakresie nie tylko nomenklatury, ale i układu rycin należał m.in. William Barton – twórca trzytomowego dzieła The Flora of North America (1821–1823).