Wrzesień 1939 W sierpniu 1939 roku zgłosił się na ochotnika do służby wojskowej. Dostał przydział do Batalionu Sanitarnego na Powązkach. Po wybuchu wojny batalion ten wycofał się pod Brześć, gdzie rozbili go Niemcy. Ppor. Szczubełek wraz z częścią żołnierzy wyrwał się z okrążenia. Wycofał się na południowy wschód i dostał do niewoli radzieckiej. W czasie wywózki w głąb Związku Sowieckiego uciekł z transportu. W październiku 1939 roku wrócił do Warszawy.
Okupacja w Warszawie Po powrocie do Warszawy Szczubełek zaczął działać w konspiracji. 17 października spotkał się z Cyprianem Odorkiewiczem „Krybarem”, byłym komendantem dzielnicowym Obrony Przeciwlotniczej Warszawa-Północ w kampanii wrześniowej, i po rozmowie z nim przystąpił do tworzenia na Sadybie w ramach Służby Zwycięstwu Polski zgrupowania pod nazwą „Warszawianka”, które obejmowało swym zasięgiem teren od Wilanowa do ul. Chełmskiej, ul. Sobieskiego do Wisły. 15 czerwca 1943 roku „Warszawianka” została podporządkowana Armii Krajowej jako 5. Rejon Obwodu V – Mokotów. Komendantem rejonu został ppor. „Jaszczur” (M. Czesław Szczubełek). Rejon 5. przyjął kryptonim „Oaza”.