Po śmierci króla Macieja Korwina, w okresie od 1490 do 1526 rokiem, biblioteka pozostała nienaruszona w swym zrębie, jednakże księgozbiór podlegał powolnemu i ciągłemu zubożeniu. Za rządów Władysława II Jagiellończyka poszczególne egzemplarze zaczęły znikać z księgozbioru, a tendencja ta utrzymała się jeszcze za panowania zmarłego na polu bitwy pod Mohaczem w dniu 29 sierpnia 1526 roku Ludwika II Jagiellończyka. W tym czasie ambasadorzy i humaniści spoza Węgier obecni w Budzie zakupili znaczną część kodeksów greckich i łacińskich. Pomimo powolnego wyprzedawania główna część biblioteki pozostała w zasadzie nienaruszona i w chwili zdobycia Budy przez osmańskiego sułtana Sulejmana Wspaniałego kolekcja ta była przechowywana na zamku królewskim. Sulejman spalił Budę i Peszt, jednakże sam zamek został oszczędzony, dzięki czemu ocalały zgromadzone na nim skarby, w tym Bibliotheca Corviniana. Corvinae były w częściach wywożone i stopniowo pojawiały się w stołecznym Konstantynopolu. W Konstantynopolu używano ich przez wiele lat dla doraźnych celów politycznych, w ten sposób, że części kolekcji były stopniowo darowywane rozmaitym ambasadorom i władcom. W ten sposób część Corvinianów trafiła między innymi do Torunia, Oksfordu i Lipska.