Beauregardowi sprowadzić wojska konfederackie w pobliże Charleston w Karolinie Południowej. W międzyczasie, zaczęta atakiem na Fort Sumter 12 kwietnia 1861, wybuchła amerykańska krwawa i długotrwała wojna secesyjna. W maju 1861 rząd Konfederacji z prezydentem przeniósł się do Richmond w stanie Wirginia.
6 listopada 1861 Davis został wybrany na 6-letnią kadencję jako Prezydent Skonfederowanych Stanów Ameryki. Zaprzysiężenie miało miejsce 22 lutego 1862 r. Bardzo długi czas między tymi wydarzeniami to efekt decyzji, że ma się odbyć w rocznicę urodzin Jerzego Waszyngtona. Jako że w dniu wyborów był tymczasowym prezydentem, czekanie nie utrudniło mu pracy. Warto nadmienić, że tego samego dnia weszła w życie Konstytucja CSA. Pełnił urząd do końca istnienia państwa, które upadło w połowie kadencji. 31 maja wyznaczył generała Roberta Lee na dowódcę głównej Armii Północnej Wirginii.
Przez cały okres swej prezydentury Davis musiał zmagać się z popularną na Południu ideą większej autonomii poszczególnych stanów. Davis uważał ją za szczególnie szkodliwą w warunkach tak ciężkiej wojny ze stanami Północy. Preferował więc istnienie scentralizowanego rządu konfederacji i łamał opór gubernatorów stanowych.