Stał się przyczyną jednego z najważniejszych konfliktów pomiędzy rządem RP a Stolicą Apostolską. Papież Pius XI chciał go mianować na biskupa diecezjalnego sandomierskiego. Było to stanowisko wakujące po przeniesieniu w 1935 dotychczasowego ordynariusza, Włodzimierza Jasińskiego, do diecezji łódzkiej. Jednak władze polskie nie zgodziły się na papieską nominację i diecezją sandomierską administrował od 1936 Jan Kanty Lorek.
Po nagłej śmierci biskupa Przeździeckiego w latach 1940–1946 kierował diecezją siedlecką jako administrator apostolski.
W 1944 został skazany na karę śmierci przez Wojskowy Sąd Specjalny Obszaru Warszawskiego AK. Wyrok nie został zatwierdzony przez komendanta Obszaru, a sprawa została przekazana do Komisji Sądzącej Walki Podziemnej, która skazała biskupa na karę infamii. Kwestia rzekomej współpracy biskupa z Niemcami budziła liczne kontrowersje, aczkolwiek ocena działalności duchownego jest współcześnie znacznie bardziej łagodna.
W 1946 zakończył pracę w diecezji siedleckiej i zamieszkał w Michalinie. Pochowany został na cmentarzu Bródnowskim w Warszawie (kwatera 7C-4-4)Kwatera 7C, rząd I, grób 4. Cmentarz Bródnowski, praca zbiorowa, Urząd Dzielnicy Warszawa-Targówek, Warszawa 2007 s. 92, na książce , ..