Kolejnym stanowiskiem było dowództwo Departamentu Missouri. Po zakończeniu wojny, latem 1865 roku, Siuksowie, Szejeni i Arapaho rozpoczęli najazdy na szlak Bozemana. Zadaniem Dodge’a było przeprowadzenie kampanii przeciw Indianom, która przeszła do historii jako ekspedycja nad Powder River. W polu siłami amerykańskimi dowodził gen. Patrick Edward Connor, który zadał przeciwnikowi klęskę w bitwie nad Tongue River, co jednak nie zakończyło konfliktu i doprowadziło do jego przekształcenia w Wojnę Czerwonej Chmury.
W maju 1866 roku Dodge zrezygnował ze służby w armii i został głównym inżynierem Union Pacific Railroad oraz jedną z głównych postaci budowy Pierwszej Kolei Transkontynentalnej. Jego zadaniem było zaprojektowanie przebiegu trasy. Jednym z dyrektorów firmy budującej linię był Thomas C. Durant, który dopuszczając się przekrętów finansowych, zbił na budowie fortunę. Widząc zyski Duranta, Dodge zakupił udziały w firmie Duranta. Po odkryciu machinacji i wybuchu skandalu Dodge przeniósł się do Teksasu.