W marcu 1983 został mianowany biskupem pomocniczym archidiecezji Los Angeles ze stolicą tytularną Capreae. Sakry biskupiej udzielił mu 12 maja 1983 kardynał Timothy Manning, arcybiskup Los Angeles. W lipcu 1986 został przeniesiony na stolicę arcybiskupią Portland. Od sierpnia 1995 był arcybiskupem koadiutorem archidiecezji San Francisco. Po rezygnacji arcybiskupa Johna Raphaela Quinna w grudniu 1995 został jego następcą. Od lipca 1999 do kwietnia 2000 kierował jednocześnie diecezją Santa Rosa (Kalifornia) jako administrator apostolski. W listopadzie 2003 stanął na czele Komisji Doktryny Konferencji Amerykańskich Biskupów Katolickich. Kierował obchodami jubileuszu 150-lecia archidiecezji San Francisco (2003), brał udział w pracach sesji Światowego Synodu Biskupów w Watykanie, m.in. sesji specjalnej dla Kościoła w Ameryce (1997). 30 stycznia 2003 udzielił sakry pierwszemu biskupowi w USA pochodzenia chińskiego Ignatiusowi Wangowi, który został biskupem pomocniczym San Francisco ze stolicą tytularną Sitipa.