2 kwietnia 1991 reaktywowano gminę Szaflary w granicach z 1976 roku, przez co gmina Biały Dunajec została zmniejszona o kolejne 7 sołectw: Bańska Dolna, Bańska Górna, Bór, Maruszyna, Skrzypne, Szaflary, Zaskale z gminy Biały Dunajec.
W związku ze zniesieniem gminy Tatrzańskiej 30 grudnia 1994, żadne z dawnych sołectw gminy Biały Dunajec (Bustryk, Suche i Ząb) nie powróciło do niej, a wszystkie włączono do reaktywowanej gminy Poronin. Od 1991 roku gmina Biały Dunajec obejmuje zatem najmniejszy obszar od chwili jej utworzenia, bo zaledwie 5 sołectw: Biały Dunajec, Gliczarów Dolny, Gliczarów Górny, Sierockie i Leszczyny.
W 1999 roku gmina weszła w skład powiatu tatrzańskiego w nowo utworzonym województwie małopolskimUstawa z dnia 24 lipca 1998 r. o wprowadzeniu zasadniczego trójstopniowego podziału terytorialnego państwa ().
Struktura powierzchni Według danych z roku 2002 gmina Biały Dunajec ma obszar 35,51 km², w tym: użytki rolne: 79% użytki leśne: 15%