Wojna domowa w Rwandzie – konflikt zbrojny trwający w latach 1990–1993 między rządem Juvenala Habyarimany a rebeliantami Rwandyjskiego Frontu Patriotycznego (RPF).
Konflikt rozpoczął się 1 października 1990 wybuchem rebelii RPF a oficjalnie zakończył się porozumieniem z Arushy 4 sierpnia 1993, na mocy którego doszło do podziału władzy w rządzie. Jednakże zabójstwo prezydenta Habyarimany 6 kwietnia 1994, kiedy to jego samolot został zestrzelony w Kigali, było katalizatorem wybuchu nowej, najintensywniejszej fali ludobójstwa w Rwandzie. Następnie siły RPF brały udział w pierwszej i drugiej wojnie domowej w Kongu.
Wojna domowa w Rwandzie oficjalnie zakończyła się porozumieniem z Aruszy, mimo to później rebelianci zajęli Kigali w 1994. Obozy dla uchodźców zostały zlikwidowane w 1996. Do dziś w Rwandzie na granicy z Demokratyczną Republiką Konga działają bojówki FLDR.
Tło Napięcia między plemionami Hutu i Tutsi były widoczne już podczas działalności kolonialnej Niemców, a później celowo podsycane przez Belgów. Podczas dwóch dekad niepodległości Rwandy dochodziło do gwałtownych zamieszek i czystek etnicznych między Hutu i Tutsi. Rwandę zamieszkują trzy grupy etniczne: Hutu (88%), Tutsi (11%), pigmeje Twa (1%).