Następnie Tutsi weszli w skład bojówek walczących w Narodowej Armii Oporu podczas wojny domowej w Ugandzie między nowo wybranym prezydentem Miltonem Obote, a buntownikiem Yoweri Museveni.
W geście wdzięczności Yoweri Museveni, zwycięzca wojny domowej w Ugandzie, przyzwolił w 1987 na utworzenie Rwandyjskiego Frontu Patriotycznego (RPF), której celem był powrót imigrantów do kraju i dokonanie tam podziału władzy. Prezydent Habyarimana odrzucił te postulaty. Rwandyjska Armia Patriotyczna (RPA), militarne skrzydło RPF, rozpoczęło przygotowania do inwazji na Rwandę.
Poziom napięć etnicznych i politycznych wzrósł po 1990, a przyczyną tego był kryzys gospodarczy, brak żywności i klęski żywiołowe.
Przebieg konfliktu 1 października 1990 o 14:30 grupa 50 rebeliantów RPF przekroczyła granicę z Ugandą, mordując przy tym strażników granicznych. Napastnicy byli ubrani w uniformy armii ugandyjskiej. W chwili podjęcia ataku szacowano, iż rebeliantów Tutsi z RPF było 4 tys. Bojownicy byli zaprawieni w bojach, gdyż walczyli podczas wojny domowej w Ugandzie.
W czasie ataku prezydent Juvénal Habyarimana i prezydent Ugandy Yoweri Museveni przebywali w Nowym Jorku na Światowym Szczycie ds. Dzieci zorganizowanym przez ONZ.