11 września 1939 wycofujący się przed atakującymi Niemcami z przedpola Sieradza i linii Warty 31 Pułk Strzelców Kaniowskich pod dowództwem ppłk Wincentego Wnuka, dokonał kontrataku na znajdujące się już w Mszczonowie oddziały Wehrmachtu. Starcie zakończyło się zwycięstwem Polaków i kompletnym rozbiciem oddziałów niemieckich. Zniszczono niemieckie czołgi i samochody, wozy z zaopatrzeniem. Po zwycięstwie pułk wycofał się z miasta. Jeszcze tego samego dnia wrócili do miasta Niemcy i w odwecie je spalili (zniszczono około 80% zabudowy). Ponadto dokonali licznych egzekucji – m.in. rozstrzelali burmistrza Aleksandra Tańskiego, księdza proboszcza Józefa Wierzejskiego i lekarza Stanisława Zarachowicza. Zastrzelili też ks. Władysława Gołędowskiego, wikariusza parafii w Mszczonowie i kapelana miejscowego hufca ZHP w trakcie opatrywania rannego.

Do aktywizacji gospodarczej miasta przyczyniła się uruchomiona w latach 1953–1954 linia kolejowa do Skierniewic i Pilawy. W latach 1962–1964 wybudowane zostały Zakłady Produkcji Kruszywa Lekkiego, które produkowały jako jedyne w kraju keramzyt. Od utworzenia w 1972 gminy Mszczonów, miasto rozwija się dynamicznie jako prężnie działający ośrodek logistyczno-przemysłowy, szczególnie zaś od lat 90. wraz z nasileniem transportu drogowego.