W 1430 katedra otrzymała swój dzisiejszy kształt. W latach 1456–1463 późnogotycka budowla halowa została poszerzona o czwartą nawę, dobudowaną od strony południowej. Po wielkim pożarze miasta w 1634 przebudowano wnętrze katedry w stylu barokowym a w 1664 wieżę zwieńczono barokowym hełmem. Katedra w ciągu swej historii była wiele razy restaurowana, ostatni raz w 1987.
Po nastaniu reformacji w 1524 katedra stała się de facto kościołem symultanicznym (rzymskokatolickim i ewangelicko-luterańskim jednocześnie) – jest w Niemczech najstarszym i jednym z niewielu kościołów tego typu.
Po długich sporach między luteranami a katolikami Rada miasta Budziszyna i kapituła katedralna zawarły w 1543 pierwszą umowę o zasadach użytkowania świątyni przez obie wspólnoty wyznaniowe. Na mocy tej umowy prezbiterium przypadło w udziale katolikom a korpus główny – protestantom. Granicę stanowiło lektorium. Dalsze umowy miały miejsce w XVI w. za czasów dziekana katedralnego Johanna Leisentrita, np. odnośnie do zewnętrznych posiadłości, jak parafia Gaußig. Nastąpiło jednak zniesienie dotychczasowej diecezji katolickiej.
Podczas powstania czeskiego (1619/1620) katolicka kapituła na krótki okres była wypędzona z katedry. Później jednak powróciła do niej.