Antoni został ogłoszony patronem Akademii. W latach 1798–1803 jej działalność została ponownie zawieszona w związku wydarzeniami mającymi miejsce w czasie wojen napoleońskich. Akademia przechodziła kolejny trudny okres w końcu lat 40 XIX wieku, kiedy doszło do wybuchu rewolucji w Rzymie i tzw. „wojny ludowej” we Włoszech. Działalność Akademii została utwierdzona przez Piusa IX i kolejnych papieży, a jej profil został dostosowany do potrzeb kształcenia kapłanów mających służyć w dyplomacji Stolicy Apostolskiej, a także w Sekretariacie Stanu i Kurii Rzymskiej.

Wśród absolwentów Akademii znajdowali się między innymi późniejsi papieże: Klemens XIII, Leon XII, Leon XIII, Benedykt XV i Paweł VI.

Rektorzy 250px|Wejście do siedziby Akademii od strony Piazza della Minerva|right|thumbnail 1701–1704: Matteo Gennaro Sibilia 1704–1720: Francesco Giordanini 1721–1728: Pellegrino De Negri 1729–1739: Tommaso Giannini 1739–1742: Girolamo Formaliani 1742–1744: Angelo Granelli 1744–1762: Pier Matteo Onorati 1763–1764: Innocenzo Gorgoni 1775–1798: Paolo Antonio Paoli 1802–1814: Vincenzo Brenciaglia 1814–1843: Giovanni Giacomo Sinibaldi 1843–1847: Giovanni Battista Rosani 1850–1873: Giuseppe Cardoni 1873–1875: Venanzio Mobili 1875–1878: Odoardo Agnelli 1878–1884: Placido Schiaffino 1884–1885: Domenico Ferrata 1885–1886: Luigi