Na kolejny taki sukces czekano do drugiej połowy lat 90. W 1995 wybudowano nową halę sportową, a piłkarze awansowali do IV ligi. Dwa lata później awans I drużyny do III ligi zbiegł się z awansem juniorów do ligi makroregionalnej oraz wywalczenia mistrzostwa byłego województwa bielskiego przez trampkarzy. Wyraźny kryzys nastąpił w 2003 roku po degradacji z ligi okręgowej. W 2009 roku klub został rozwiązany z powodu bankructwa, w jego miejsce powstał KP Beskid 09 Skoczów. W lipcu 2012 roku Klub powrócił do historycznej nazwy „Beskid Skoczów”. W sezonie 2015/2016 pierwsza drużyna Beskidu Skoczów wywalczyła awans do IV ligi śląskiej II grupy.
Występy w poszczególnych latach Włókniarz Skoczów sezon Liga Miejsce Poziomrozgrywek1951Klasa B1.miejsce (awans) ↑ 41952Klasa A gr. VIII (Cieszyn)2.miejsce 31953Klasa A gr. IV (Bielsko-Biała)11.miejsce (spadek) ↓ 4Od sezonu 1953 powołano do istnienia III ligę piłkarską. Dotychczasowa klasa A została 4 poziomem rozgrywek piłkarskich w Polsce.1954Klasa B ?