MCK jest narodową instytucją kultury o charakterze naukowo-badawczym, edukacyjnym i informacyjnym. Działający w jej strukturach Instytut Dziedzictwa Europejskiego we współpracy z zagranicznymi partnerami realizuje międzynarodowe projekty badawcze, organizuje konferencje i seminaria będące wynikiem międzynarodowej aktywności, prowadzonych badań i gromadzonej przez lata wiedzy, a także prowadzi jedną z najnowocześniejszych specjalistycznych bibliotek z zakresu dziedzictwa kulturowego w Polsce. Działalność edukacyjna obejmuje towarzyszące wystawom programy dla dzieci i młodzieży, autorskie projekty dla szkół, międzynarodowe kursy letnie, seminaria badawcze i studia podyplomowe. Wielojęzyczne książki i albumy wydawane nakładem MCK pozwalają dotrzeć nie tylko do polskich, ale też zagranicznych czytelników, natomiast program wystawienniczy Galerii MCK zaznajamia publiczność z szerokim spektrum światowej sztuki i architektury. Hasłem wywoławczym działalności MCK jest interdyscyplinarność.