Pustelnia Niłowo–Stołobieńska (ros. Нило-Столобенская пустынь) – męski monaster w eparchii twerskiej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Położony na wyspie Stołobnyj na jeziorze Seliger.
Historia Powstanie klasztoru W XVI wieku na terenie wyspy Stołobnyj znajdowała się pustelnia późniejszego świętego mnicha Nilusa (Niła) Stołobieńskiego. Pustelnik zmarł w 1554 i został pochowany w przygotowanym przez siebie grobie.
W 1594 patriarcha moskiewski Hiob polecił założyć na tym miejscu męski klasztor. Jego pierwszym przełożonym i twórcą został hieromnich German Stołobieński. Z jego inicjatywy na wyspie powstały: drewniana cerkiew, dzwonnica oraz budynek z sześcioma celami dla mnichów. Zmarł on w 1614, gdy monaster był w bardzo złej sytuacji ekonomicznej z powodu nieurodzajów i wojen. Po jego śmierci obowiązki przełożonego klasztoru przejął mnich Nektariusz, uczeń duchowny zmarłego zakonnika. Jego działalność jako przełożonego oraz prowadzony ascetyczny tryb życia zwróciły uwagę licznych hierarchów cerkiewnych i możnowładców na istniejący od kilkunastu lat klasztor. Bojar B. Łykow przekazał mnichom prawo wyłącznego połowu ryb w jeziorze oraz półwysep Swiatica i wyspę Gorodomlię, wreszcie wspierał monaster finansowo. W 1620 mnich Nektariusz został podniesiony do godności ihumena przez metropolitę nowogrodzkiego Makarego.